Es un lugar estratégico para el dominio de la costa, de hecho, Gaztelugatxe fue durante siglos escenario de batallas entre el señor de Bizkaia y el rey de Castilla, de actos de pillaje y saqueos por parte de corsarios y piratas. Y también la brujería y los aquelarres encontraron en Gaztelugatxe su cobijo.

La ermita que corona este islote fue fundada en el siglo X bajo el nombre de San Juan Bautista. Con los años fue deteriorándose hasta finalmente ser demolida en 1886 y reconstruida completamente.

Existe una LEYENDA sobre este lugar que dice que San Juan tras desembarcar en Bermeo, en tres zancadas, de las cuales dejo huella en el camino, llegó hasta la ermita. La primera huella se encuentra debajo del arco de “San Juan”, en el propio casco urbano de Bermeo. La segunda huella está al pie del peñón, justo antes del comienzo de las escaleras para subir a Gaztelugatxe. La tercera huella se encuentra al llegar al último escalón de acceso a la ermita. Esta huella es además la más interesante, porque además de apreciarse con nitidez la huella, podemos leer la inscripción “SAN JUAN”, que alguien escribió con un cincel.

En las fiestas de San Juan, 24 de Junio, se celebra una TRADICIONAL ROMERÍA, donde multitudes de los alrededores, sobre todo de Bermeo, acuden en peregrinación, a pié a la ermita en cumplimiento de promesas realizadas o dando las gracias al santo. Se realiza una ofrenda floral a la imagen de la Virgen, sumergida en las profundidades del mar, bajo uno de los arcos naturales que emergen al pie de este fantástico islote

San Juan degollado (29 de Agosto) es otra fiesta muy celebrada en la ermita.

Existe otra tradición en la cual; al inicio de la costera del bonito del norte, los pescadores y neskatillas acostumbran a ir a Gaztelugatxe a pedir salud, buen tiempo y buena pesca. El ritual de petición también se hace desde el mar. Es por ello que los marineros/pescadores llevan sus embarcaciones a las inmediaciones de Gaztelugatxe para “hacer lo que hay que hacer”: tres vueltas a babor y tres a estribor.”